Здравствуйте.
Да, Вы сможете претендовать на вычет за покупку. Купил - право получил, дальнейшая судьба квартиры неважна.
Да, налог 13% платится на разницу между ценой покупки и текущей ценой продажи. Дополнительно базу (стоимость текущей продажи) можно уменьшить на стоимость ремонта, но при условии, что в изначальном договоре есть информация, что квартира передавалась Вам без отделки.

Налог 13% должен будет платиться с суммы разницы между ценой продажи и ценой изначальной покупки, ЕСЛИ заявите имущественный вычет по расходам в рамках налоговой декларации, ибо не стоит ждать, что оно произойдёт автоматически.
Право на имущественный вычет получили с даты подписания акта передачи с застройщиком и это право останется с Вами и после отчуждения данного объекта.
Можете получить возврат НДФЛ по справке 2-НДФЛ или использовать данный вид вычета для погашения любого налога к уплате.

а еще вы сможете уменьшить налог или свести его к нулю за счет вычета с покупки.
Для этого нужно будет правильно заполнить декларацию

Налог 13% платите с разницы между ценой продажи и покупки. Вычет получить тоже сможете.