Срок считается с момента регистрации права на первоначальную долю . В вашем случае - три года. Но скорее всего, Вам это придется доказывать. За счет купли Вы увеличили объем своих прав, приращение долей. Плохо , конечно, что обе сделки прошли одним днем.
Уточните, пожалуйста, единственное это жилье или нет?- а то может проблема сама собой решиться))))

Татьяна, добрый день! Во-первых, если в выписке из реестра договора датируются одной датой, то по какому принципу Вы определили, что сначала - по договору дарения?
Во-вторых, физические лица платят не с доли или с чего-то, а с полученного дохода, за вычетом стандартного имущественного вычета или вычета по расходам, НО на мой взгляд, у Вас та самая история, когда можно применить пункт 7, статьи 3 НК РФ: "Все неустранимые сомнения, противоречия и неясности актов законодательства о налогах и сборах толкуются в пользу налогоплательщика (плательщика сбора, плательщика страховых взносов, налогового агента)."
Соответственно, если налоговая считает, что ДКП был зарегистрирован раньше дарения, то можете смело утверждать обратное и настаивать на своём и тогда минимальный срок владения для продажи без налоговых последствий составит три года, с даты регистрации права на первоначальную долю, коим Вы считаете договор дарения.

Но если все-таки придется платить налог, то с доли или со всей?

Нет, не единственное